سلطنت شاه‌شجاع
با شکست و فرار دوست‌محمد خان، شاه‌شجاع(دوره دوم از ۱۸۳۹ تا ۱۸۴۲) پس از ۳۰ سال دوباره در ۷ اوت ۱۸۳۹، تحت حمایت نظامی انگلیس به کابل بازگشت و بر تخت سلطنت نشست. شاه‌شجاع فقط نام شاه را داشت و عملا اختیاری نداشت و اداره امور در دست انگلیس‌ها بود. پس از بازگشت شاه‌شجاع به سلطنت، مهاراجه رنجیب سینگ نیز درگذشت. انگلیس‌ها با استفاده از موقعیتی که در هند داشتند و فرصتی که در افغانستان به دست آورده بودند تمامی سند را به تصرف خود درآوردند؛ در این شرایط از شاه‌شجاع نیز کاری ساخته ۱، میر محمد صدیق فرهنگ؛ افغانستان در پنج قرن اخیر؛ ج ۱، ص ۲۶۵.
نبود. به‌این‌ترتیب انگلیس‌ها، سند را به قلمرو خود در شبه‌قاره اضافه کردند؛ مهره زیردست خود، شاه‌شجاع را در کابل بر تخت نشاندند و سیاست خارجی افغانستان را هم در دست خود گرفتند.
انگلیس‌ها پادگان‌هایی در مناطق مهم و حساس افغانستان، مانند قلات، جلال‌آباد، غزنی، چاریکار و گرشک ایجاد کردند تا امنیت را تحت کنترل داشته باشند، هرچند خارج از این مناطق نه امنیتی بود و نه کنترل دولت افغانستان و نیروهای انگلیسی، پس از استقرار شاه‌شجاع در سلطنت و حضور نیروهای انگلیسی و فرار برادران فتح‌خان به ایران و جاهای دیگر، اوضاع نسبتا آرام به‌نظر می‌رسید، فقط غلزایی‌ها مدتی مزاحم انگلیس‌ها شدند؛ ولی حملات و مقاومت‌های آنان نیز دفع شد و بخشی از نیروهای انگلیسی در اکتبر ۱۸۳۹، به هند بازگشتند و بخش دیگر آن برای کنترل مناطق استراتژیک در افغانستان باقی ماندند. مهم‌ترین خطر باقی‌مانده، دوست‌محمد خان بود.
دوست‌محمد خان پس از فرار از کابل، ابتدا قصد داشت به ایران پناه ببرد؛ ولی چون در هرات کامران میرزا (پسر محمود) حکومت داشت و نگران حمله آنها و دستگیری خود و افرادش بود، به بخارا پناه برد. او پس از مدتی عسرت، در تابستان ۱۸۴۰، از بخارا فرار کرد، نیروهای پادشاه بخارا موفق به دستگیری وی نشدند، اما پسرش سردار وزیر محمداکبر خان و تعدادی از کسانش در بخارا محبوس ماندند. دوست‌محمد خان پس از فرار از بخارا به قندوز در افغانستان بازگشت و در تاشقرقان پس از جمع‌آوری شش‌هزار نیرو، در سپتامبر ۱۸۴۰ به طرف کوهستان در شمال کابل رفت تا جنگ علیه شاه‌شجاع و انگلیس‌ها را آغاز کند به‌رغم فرار
۵۳
۵۳۲
قبلی وی، مردم به امید بیرون‌راندن انگلیس، بازهم دور او جمع شدند. دوست‌محمد خان ابتدا به بامیان آمد. انگلیس‌ها نیرویی به بامیان فرستادند و بر اثر آتش توپخانه، دوست‌محمد خان شکست خورده، به تاشقرقان بازگشت. در این وقت میر مسجدی‌خان و سلطان‌خان از کوهستان به او پیام دادند تا به کوهستان (در شمال کابل) بیاید و رهبری قیام را برعهده گیرد. دوست‌محمد خان نیز با ۳۰۰ سوار وارد کوهستان شد و جنگ با انگلیس‌ها آغاز شد. مکناتن نیروهای نظامی خود را به کوهستان اعزام کرد و با آتش توپخانه و تخریب قلعه‌ها، سعی در مرعوب‌ساختن مخالفان کرد و هم‌زمان تلاش می‌ورزید با پرداخت رشوه و جذب رهبران مخالفان، در صفوف آنها تفرقه ایجاد کند و تا حدی هم در این کار موفق شد. در درگیری مهمی که در دوم نوامبر ۱۸۴۰، در چاریکار صورت گرفت تلفاتی به انگلیس‌ها وارد شد و عده‌ای از فرماندهان و نیروهای آنها کشته شدند؛ ولی با توسعه آتش توپخانه قشون انگلیس، نیروهای دوست‌محمد خان عقب‌نشینی کردند.
درگرماگرم نبرد با نیروهای انگلیسی، ناگهان دوست‌محمد خان بدون آنکه به کسی حتی به پسرش، افضل‌خان چیزی بگوید و بدون مشورت با سران مجاهد، به نجراب رفت و به میر مسجدی‌خان اطلاع داد که تصمیم دارد به کابل رفته و خود را تسلیم کند. تلاش میر مسجدی‌خان برای تغییر تصمیم دوست‌محمد خان مؤثر واقع نشد. او به کابل آمد و خود را به مکناتن تسلیم کرد، با تبعید دوست‌محمد خان و خانواده‌اش به هند، انگلیسی‌ها نفس راحتی کشیدند و مشکلات را خاتمه‌یافته تلقی کردند؛ درحالی‌که مبارزات واقعی تازه شروع شد.