دستگیری حبیب‌الله کلکانی
محمدنادر خان پس از تسلط بر کابل و حکومت، قبل از هر چیز کوشید کار حبیب‌الله کلکانی را تمام‌کند تا او در شمال کابل قادر به ادامه فعالیت نباشد. حبیب‌الله پس از خروج از کابل، قصد مقابله و جنگ با محمدنادر خان را نداشت؛ ولی نظر محمدنادر خان نابودی کامل حبیب‌الله و همدستانش بود. او حبیب‌الله را به ترک مخاصمه دعوت کرد و وعده داد که جرائم گذشته او و همراهانش را عفو کند. محمدنادر خان هیئتی را نزد حبیب‌الله خان فرستاد و حتی برادر خود شاه محمود خان را برای اطمینان دادن به حبیب‌الله به کوهستان فرستاد و معروف است که در حاشیه قرآن قسم یاد کرد و تعهد کتبی داد که بر جان و مال حبیب‌الله و همراهانش تعرض نخواهد کرد و آنان را عفو می‌کند و این قسم‌نامه را نزد حبیب‌الله فرستاد. حبیب‌الله نیز به قول و قسم محمدنادر خان اطمینان کرد و با عده‌ای از یاران خود به کابل آمد و تسلیم شد. آنها چند روزی مهمان بودند و پس از آنکه پادشاهی محمدنادرخان اعلام شد، به زندان افکنده شدند و سپس به بهانه اینکه قبایل جنوبی وزیری
خواهان مجازات حبیب‌الله و یارانش شده، حبیب‌الله و همکارانش را به آنها تسلیم کردند. حبیب‌الله کلکانی و همکارانش که ۱۷ نفر بودند در اول نوامبر ۱۹۲۹ اعدام شدند و سپس نیروهای محمدنادر خان به منطقه شمالی حمله کردند و سایر همدستان حبیب‌الله هم دستگیر و زندانی یا اعدام شدند.
محمدنادرشاه پس از احراز سلطنت، برادرش محمدهاشم‌خان را به نخست‌وزیری برگزید و مأمور تشکیل کابینه کرد.کابینه‌ای هم که تشکیل شد در درجه اول یک حلقه فامیلی بود و اقوام و بستگان درجه‌یک محمدنادر شاه در آن حضور داشتند؛ برای مثال، هاشم‌خان نخست‌وزیر بود و سایر برادرانش پست‌های حساس و مهم را در اختیار داشتند، در درجه دوم یک حلقه طایفه‌ای بود و افراد طراز اول خانواده آل یحیی و سپس بارکزایی‌ها در آن جمع بودند.
محمدنادر شاه نه با اصلاحات شتابزده امان‌الله خان و نه با تندروی‌های ضد اصلاحات حبیب‌الله کلکانی موافق بود و کوشید رفتار جدیدی در پیش‌گیرد. او گرایش‌های آزادی‌خواهانه را متوقف و سرکوب ساخت، اغلب برنامه‌های اصلاحی‌گذشته را معلق کرد، قانون اساسی جدیدی تدوین کرد و کوشید سروسامانی به اوضاع کشور بدهد.