تفتیش عقاید در دوره ایزابل و فردیناند
تقریبا تمام مسیحیان قرون وسطی، معتقد بودند که کتاب مقدس، کلمه به کلمه گفته خداست و عیسی، که پسر خدا باشد، مستقیما کلیسای مسیحی را بنیان نهاده است. از این دو مقدمه نتیجه هایی که حاصل می‌آمد این بود: خداوند خواستار مسیحی شدن تمام ملت ها است و عمل به دستور و تعالیم مذاهب غیرمسیحی به خصوص ضد مسیحی اهانتی بزرگ به ذات باری تعالی است . در 1478 پاپ سیکستوس چهارم به دستور ایزابل و فردیناند حکمی را صادر کرد که به موجب آن به آنها اختیار داد که شش کشیش را که در قانون کلیسایی و الهیات صاحب درجه باشند. به عنوان هیات مفتشه برگزیدند و بدعت گذاران را به کیفر خود برسانند. یکی از خصوصیات مهم این حکم این بود که اجازه انتصاب و انتخاب اعضای دستگاه تفتیش افکار را به فرمانروایان اسپانیا اعطا کرده بود. در این جا مانند آلمان پروتستان مذهب مطیع و دست نشانده دولت شد. اما صورت قضیه این بود که فردیناند و ایزابل مفتشین را معین می‌نمودند و آن گاه پاپ فرمان انتصاب آن ها را صادر می کرد؛ مرجعیت و اعتبار دستگاه تفتیش افکار ناشی از همین فرمان پاپ بود و به این طریق ، دستگاه تفتیش افکار یک موسسه روحانی و عضوی از اعضای کلیسا بود که خود عضوی از اعضای دولت به شمار می رفت . فردیناند و ایزابل بر جزئیات کارآن نظارت و مراقبت می کردند.و به اعضای دستگاه تفتیش عقاید اختیار داده می‌شد که از میان روحانیون و غیر روحانیون، کسانی را به عنوان مامور تحقیق انتخاب کنند. پس از سال 1483 سراسر دستگاه تفتیش افکار زیر نظر یکی از عمال دولت یعنی مفتش عالی دستگاه تفتیش افکارقرار گرفت که معمولا به او مفتش کل گفته می‌شد. دستگاه به یهودیان یا مسلمانانی که به به مسیحیت نگرویده بودند، چندان کاری نداشت؛ تهدیدها متوجه آن دسته از نوکیشانی بود که گمان می رفت به دین قبلی خود یعنی یهودیت و اسلام بازگشته اند و یا مسیحیانی که متهم به بدعت گذاری بودند. تا سال 1492 یهودیانی که به مسیحیت نگرویده بودند مصون تر از تعمید یافتگان بودند. کشیشان، راهبان درخواست معافیت از تفتیش افکار نمودند. اما در خواست آنها رد شد.
این دستگاه، قوانین خاص خود را داشت. پیش از آنکه دیوان محاکمات آن در شهری تشکیل شود، از فراز منابر کلیساها به گوش مردم می‌رساندند و از آنها می‌خواستند که هر کس بدعت گذرای سراغ دارد به سمع اعضای دستگاه تفتیش افکاربرسانند و به خبرچینان قول حمایت داده می‌شد. ضمن اینکه به موجب قانونی که شرح بخشایش نامیده می‌شد هر آن کس که خودش را در مظان اتهام بدعت گذاری احساس می کرد می‌بایستی فورا به دستگاه تفتیش افکار اطلاع می‌داد و به تقصیر خود اعتراف می‌کرد در این صورت او را جریمه می‌کردند و یا به کفاره گناهش به کاری وا می‌داشتند.
زنده سوزانیدن، کیفر و جزای نهایی بود. این مجازات خاص کسانی بود که به بدعت گذاری های بزرگ متهم شده بوده و قبل از اعلام رای نهایی دادگاه به گناهان خویش اعتراف می‌کردند؛ یا خاص کسانی بود که به موقع به گناه خویش اعتراف کرده بودند اما دوباره به بدعت گذاری برگشته بودند. حضور رسمی ماموران کلیسا در مراسم سوزانیدن، مسئولیت و دخالت کلیسا را در این کاربه روشنی نشان می‌دهد. آن ها را که به مرگ محکوم شده بودند به میدان بزرگ شهر می بردند و به ردیف بربالای تلی از هیزم می‌بستند. اعضای دستگاه تفتیش بر سکوی در روبه روی محکومان با جلال و جبروت می‌نشستند و برای آخرین بار به محکومان فرصت اقرار و اعتراف داده می‌شد و سپس حکم دادگاه اعلام می‌گشت. معمولا اجرای این گونه محاکمات با مراسم تاج گذرای، ازدواج و یا آمدن یک شاه، ملکه و یا شاهزاده‌ای اسپانیایی قرار می‌دادند. اعضای دولت، کشیشان و راهبان محلی ملزم بودند که در این تشریفات شرکت جویند. در شب کیفردهی، این بزرگان به هم ملحق می‌شدند و با تشریفاتی پر ابهت در خیابان اصلی شهر راه می‌افتادند تا صلیب سبزرنگ دستگاه تفتیش عقاید را بر فراز محراب کلیسا جامع شهر نصب کنند. گهگاهی شاه نیز در این مراسم حضور می‌یافت.
در سال 1483 به تقاضای ایزابل و فردیناند، پاپ سیکستوس چهارم فردی را به نام توماس دتورکماذا به ریاست دستگاه تفتیش عقاید سراسر اسپانیا برگماشت. وی خشکه مقدس فسادناپذیر و متعصبی بود که با حرارت کار می کرد. اعضای دستگاه تفتیش عقاید را به خاطر ملایمت به باد سرزنش گرفت و بسیاری از تبرئه شدگان را دوباره به محاکمه خواند. در ظرف یک سال 750 نفر از یهودیان تعمیدیافته را بازداشت و یک پنجم دارایی هایشان را ضبط کرد. افراط در کار این دستگاه تا آن جا پیش رفت که در سال 1482 پاپ سیکستوس چهارم حکمی را صادر کرد که به موجب آن، فرمان داده شد که درآینده هیچ مفتشی نباید بدون حضور و موافقت نماینده اسقف محلی دست به کار تفتیش بزند و زندانیان دستگاه تفتیش باید در زندان هایی که زیر نظر اسقف نشین اداره می‌شود محبوس گردند و به آنهایی که به حکم دستگاه تفتیش افکار اعتراض دارند باید اجازه داده شود که از مقام پاپ تقاضای دادخواهی کنند و در این صورت تمام کسانی که به بدعت گذاری متهم اند چون به گناه خویش اقرار می‌نمودند و توبه می‌کردند باید مورد بخشایش قرار گیرند و از آن پس از تعقیب و آزار در امان باشند. هنگامی که این فرمان صادر شد، فردیناند از اجرای فرمان سرباز زد و مامور ابلاغ آن را توقیف کرد. در نتیجه پاپ فرمان خود را معلق ساخت.