سوسیالیسم ناصری در سوریه
از دیگر موضوعاتی که فرآیند وحدت را تسریع کرد، نگرانی حزب بعث از قدرت گرفتن حزب کمونیست مورد حمایت شوروی، در سوریه بود. دولت مصر به رهبری ناصر، با گرایشهای معتدل سوسیالیستی، ضدکمونیسم قلمداد میشد؛. به همین دلیل، رهبران حزب بعث،نظير اکرم حورانی، صلاح الدین بیطار و میشل عفلق، پیشگامان اصلی سوریه در قبولاندن طرح اتحاد به مصر بودند.
ناصر، علی رغم تمایلات سوسیالیستی شدید و انحلال همه احزاب مصر، به گروه اسلامی اخوانالمسلمین اجازه فعالیت داد؛ اما پس از سوء قصد به جمال عبدالناصر در اكتبر 1964 - كه ظاهراً به وسيله يكى از اعضاي اخوان صورت گرفت - تشكيلات اخوان غيرقانونى و منحل اعلام شد و عده‌اي از رهبران طراز اول - از جمله، هضيبى، مرشد کل و شمار بسياري از اعضاي آن؛ مانند سید قطب، بازداشت شدند. در زمستان 1955 تن از رهبران اخوان اعدام و عده‌اي به زندانهاي سنگين محكوم شدند.
اختلاف اخوانیها با ناصریها و نیز بعثیهای رادیکال متمایل به کمونیسم، فجایع بزرگی را در مصر و سوریه به وجود آوردهاست. در حال حاضر، نیز از خطوط اصلی نبرد در بحران اخیر سوریه، معارضه اخولنی هستند که مورد قتل عامهای فجیع بعثیها و ناصریها از بدو تشکیل بودهاند.