شیر علی خان
پس از فوت دوست‌محمد خان در هرات در ۱۸۶۲، شیرعلی خان (دوره اول از ۱۸۶۲ تا ۱۸۶۶) که ششمین پسر و درعین‌حال ولیعهد رسمی بود، در هرات بر تخت نشست و سلطنت خود را اعلان کرد. عده‌ای از برادران او از جمله محمدافضل خان والی ترکستان افغانستان و محمداعظم خان‌که حاکم کرم و زرمت بود، در ظاهر بیعت کردند؛ ولی در خفا اطاعت از وی را انکار کردند. سایر برادران شیرعلی خان نیز بنای شورش و مخالفت نهادند. اصلی‌ترین رقبا و مخالفان شیرعلی خان ابتدا سردار محمداعظم خان و محمدافضل خان بودند و سپس برادرزاده جاه‌طلبش عبدالرحمان خان (پسر محمدافضل خان)، بعد از آن سایر برادرانش قرار داشتند.
شیرعلی خان پس از چندی توقف در هرات، پسرش محمدیعقوب خان را که در سن ۱۴ سالگی بود به حکومت هرات گماشت و خود از راه قندهار عازم کابل شد. وقتی او به قندهار رسید محمدامین خان (والی قندهار) و محمدشریف خان، به دیدار او نیامدند، با آنکه محمدامین‌خان برادر تنی شیرعلی خان نیز بود. شیرعلی خان وقتی به غزنی رسید نامه‌ای به محمداعظم خان که در زرمت بود، نوشت و خواهان دیدار با او شد. آن دو پس از ملاقات، قرآن را مهر و امضا کرده، به احترام و حمایت از همدیگر تعهد کردند؛ ولی پس از چندی محمداعظم خان دوباره سر پیچید و علیه شیرعلی خان شورش کرد.
شیرعلی خان پس از ورود به کابل تصمیم‌گرفت برادران سرکش را سرکوب کنید یا از سر راه بردارد. چند سال اول حکومت شیرعلی خان صرف سرکوب برادران شورشی و سایر مخالفان شد. او که
نیروی منظم دوست‌محمد خان را در اختیار داشت ابتدا لشکری به زرمت و کرم فرستاد و محمداعظم خان را مجبور به فرار کرد.
انگلیس‌ها از دوام پادشاهی شیرعلی خان اطمینان کافی نداشتند و از همکاری با او خودداری می‌ورزیدند؛ حتی جواب بعضی نامه‌هایش را هم نمی‌دادند. شیرعلی خان هم از حمایت واقعی انگلیس از خود تردید داشت. پناه‌بردن انگلیس‌ها به محمداعظم خان، سبب تشویش شیرعلی‌خان از انگلیس و سوءظن به سیاست آنها شد.
شیرعلی خان پس از راندن محمداعظم خان، تصمیم گرفت سردار محمدافضل خان، برادر بزرگ خود را ،که والی ترکستان افغانی بود، از سر راه بردارد. او به شمال رفت و خواهان دیدار با محمدافضل خان شد. با آنکه عبدالرحمان خان مخالف این دیدار بود؛ ولی محمدافضل‌خان به دیدار شیرعلی خان رفت و بلافاصله پس از ورود به اردوگاه شیرعلی خان دستگیر شد و سپس توپخانه و تجهیزات او نیز به دست شیرعلی خان افتاد و نیروهایش هم متفرق شدند. عبدالرحمان خان، پسر محمدافضل خان، که تنها مانده بود به امیر بخارا پناهنده شد. شیرعلی‌خان علاوه بر محمدافضل خان، خانواده او را نیز اسیر کرده همراه خود به کابل آورد.
۵۴۸
حکومت شیرعلی خان (دوره دوم از ۱۸۶۸ تا ۱۸۷۹)
شیرعلی خان پس از پنج سال برکناری از سلطنت و جنگ مداوم با برادران خود، سرانجام در سال ۱۸۶۸، به کابل بازگشت و سلطنت را بار دیگر در دست‌گرفت و این بار با قدرت بیشتر و بدون منازع تا سال ۱۸۷۹، بر افغانستان حکومت کرد.
سیاست خارجی مهم‌ترین مشکل شیرعلی خان در این دوره از حکومتش و در این بین، انگلیس مشکل اصلی بود. مشکلات شیرعلی خان با انگلیس، در آغاز این دوره کمتر از دوره اول حکومتش بود. انگلیس‌ها حمایت خود را از برادران و مخالفان شیرعلی خان کمتر کرده، کمک‌های مالی و نظامی در اختیارش نهاده بودند؛ ازاین‌رو او قادر به شکست محمداعظم خان و تصرف کابل شد. بااین‌حال، شیرعلی خان از رویه و رفتار حکومت انگلیسی هند در قبال افغانستان و حکومت خود ناراضی بود. انگلیس‌ها نیز از وضعیت روابط‌شان با افغانستان و موقعیتی که در این کشور داشتند کاملا خشنود نبودند. در سال ۱۸۷۲، نایب‌السلطنه هند به شیرعلی خان اطلاع داد، در نظر دارد هیئتی را برای مذاکره به کابل بفرستد؛ ولی چون موضوع مذاکره معین نبود، شیرعلی خان از قبول پیشنهاد انگلیس امتناع ورزید.
در سال ۱۸۷۲، تعیین خط مرزی ایران و افغانستان در سیستان مطرح و گلداسمید از سوی انگلیس برای تعیین مرز تعیین شد. انگلیس‌ها به‌منظور جلب رضایت و همکاری شیرعلی خان، کوشیدند مرز را به‌گونه‌ای طراحی و ترسیم‌کنند که به نفع افغانستان باشد. به‌این‌علت، ایران از مرزبندی تعیین‌شده توسط گلداسمید به‌شدت ناراضی و معترض بود.
در سال ۱۸۷۳، انگلستان از شیرعلی خان دعوت کرد تا برای شرکت در مذاکرات سیملا به هند سفر کند. شیرعلی‌خان از انجام این سفر امتناع ورزید و نماینده خود، سید نورمحمدشاه خان را اعزام کرد. سید نورمحمدشاه خان در این مذاکرات تلاش کرد تا سندی دایر بر پادشاهی شیرعلی خان بر افغانستان و ولیعهد او به دست آورد و اینکه انگلیس در صورت حمله روسیه هر مقدار کمک که شیرعلی خان نیاز داشته باشد در اختیار او بگذارد؛ ولی در پایان مذاکرات فقط این توافق حاصل شد که انگلیس وعده داد، در صورت حمله روسیه به افغانستان هر اندازه که خود لازم بداند امداد مالی و اسلحه در اختیار افغانستان قرار دهد مشروط بر آنکه امیر شیرعلی خان در روابط خارجی خود طبق نظر دولت انگلیس عمل کند و یک هیئت نظامی انگلیس را برای بررسی مرزهای شمالی قبول کند. در پایان مذاکرات انگلیس‌ها یک‌میلیون روپیه هندی و ۱۵ هزار قبضه اسلحه، به شیرعلی‌خان پیشنهاد دادند. شیرعلی خان فقط سلاح‌ها را پذیرفت و نارضایتی خود را از مذاکرات سیملا عملا ابراز کرد.
کنفرانس پیشاور. انگلیس‌ها قصد مستقرکردن هیئت سیاسی دائمی در کابل و به‌دست‌گرفتن زمام امور افغانستان را به‌طور مستقیم داشتند. این تقاضا بارها مطرح شد؛ ولی شیرعلی خان به دلیل نارضایتی از سیاست و رفتار انگلیس از پاسخ‌دادن به آن طفره می‌رفت. در ژانویه ۱۸۷۷، کنفرانس پیشاور برگزار شد و نماینده شیرعلی خان، سید نورمحمدشاه خان، علل آزردگی شیرعلی خان از انگلیس‌ها را مطرح کرد؛ از جمله عدم موافقت انگلیس با امضای موافقتنامه متقابل برای مقابله با دولت ثالث (روسیه)، نارضایتی
۵۴۹
ه
۵۵۰
از حکمیت مرزی در سیستان، خودداری حکمران هند از تضمین موقعیت شیرعلی خان و ولیعهد او و مداخله انگلیس در روابط شیرعلی‌خان و محمدیعقوب‌خان به نفع پسرش، انگلیس‌ها حاضر شدند خواسته‌های شیرعلی خان را برآورده سازند مشروط بر آنکه شیرعلی‌خان از داشتن رابطه مستقیم با روسیه (به‌صورت خاص) و دول خارجی دیگر (به‌صورت عام) صرف‌نظر کرده، به نمایندگان انگلیس اجازه دهد در هرات و هر نقطه دیگر که لازم بدانند مستقر شوند و تحرکات روسیه را تحت مراقبت قرار دهند؛ ولی با فوت سید نورمحمدشاه خان، مذاکرات بدون نتیجه خاتمه پذیرفت.