شیر علی خان
پس از فوت دوست‌محمد خان در هرات در ۱۸۶۲، شیرعلی خان (دوره اول از ۱۸۶۲ تا ۱۸۶۶) که ششمین پسر و درعین‌حال ولیعهد رسمی بود، در هرات بر تخت نشست و سلطنت خود را اعلان کرد. عده‌ای از برادران او از جمله محمدافضل خان والی ترکستان افغانستان و محمداعظم خان‌که حاکم کرم و زرمت بود، در ظاهر بیعت کردند؛ ولی در خفا اطاعت از وی را انکار کردند. سایر برادران شیرعلی خان نیز بنای شورش و مخالفت نهادند. اصلی‌ترین رقبا و مخالفان شیرعلی خان ابتدا سردار محمداعظم خان و محمدافضل خان بودند و سپس برادرزاده جاه‌طلبش عبدالرحمان خان (پسر محمدافضل خان)، بعد از آن سایر برادرانش قرار داشتند.
شیرعلی خان پس از چندی توقف در هرات، پسرش محمدیعقوب خان را که در سن ۱۴ سالگی بود به حکومت هرات گماشت و خود از راه قندهار عازم کابل شد. وقتی او به قندهار رسید محمدامین خان (والی قندهار) و محمدشریف خان، به دیدار او نیامدند، با آنکه محمدامین‌خان برادر تنی شیرعلی خان نیز بود. شیرعلی خان وقتی به غزنی رسید نامه‌ای به محمداعظم خان که در زرمت بود، نوشت و خواهان دیدار با او شد. آن دو پس از ملاقات، قرآن را مهر و امضا کرده، به احترام و حمایت از همدیگر تعهد کردند؛ ولی پس از چندی محمداعظم خان دوباره سر پیچید و علیه شیرعلی خان شورش کرد.
شیرعلی خان پس از ورود به کابل تصمیم‌گرفت برادران سرکش را سرکوب کنید یا از سر راه بردارد. چند سال اول حکومت شیرعلی خان صرف سرکوب برادران شورشی و سایر مخالفان شد. او که
نیروی منظم دوست‌محمد خان را در اختیار داشت ابتدا لشکری به زرمت و کرم فرستاد و محمداعظم خان را مجبور به فرار کرد.
انگلیس‌ها از دوام پادشاهی شیرعلی خان اطمینان کافی نداشتند و از همکاری با او خودداری می‌ورزیدند؛ حتی جواب بعضی نامه‌هایش را هم نمی‌دادند. شیرعلی خان هم از حمایت واقعی انگلیس از خود تردید داشت. پناه‌بردن انگلیس‌ها به محمداعظم خان، سبب تشویش شیرعلی‌خان از انگلیس و سوءظن به سیاست آنها شد.
شیرعلی خان پس از راندن محمداعظم خان، تصمیم گرفت سردار محمدافضل خان، برادر بزرگ خود را ،که والی ترکستان افغانی بود، از سر راه بردارد. او به شمال رفت و خواهان دیدار با محمدافضل خان شد. با آنکه عبدالرحمان خان مخالف این دیدار بود؛ ولی محمدافضل‌خان به دیدار شیرعلی خان رفت و بلافاصله پس از ورود به اردوگاه شیرعلی خان دستگیر شد و سپس توپخانه و تجهیزات او نیز به دست شیرعلی خان افتاد و نیروهایش هم متفرق شدند. عبدالرحمان خان، پسر محمدافضل خان، که تنها مانده بود به امیر بخارا پناهنده شد. شیرعلی‌خان علاوه بر محمدافضل خان، خانواده او را نیز اسیر کرده همراه خود به کابل آورد.