سقوط مزار شریف
طالبان پس از شکست سنگین یک سال قبل خود در اردیبهشت و خرداد ۱۳۷۶، در مزار شریف و شمال افغانستان، شروع به جمع‌آوری نیرو و تجهیز قوا کرد و در مرداد ۱۳۷۷، با همه توان و با استفاده از پشتیبانی‌های خارجی، حمله مجدد خود را آغاز کرد. طالبان از عربستان سعودی و پاکستان درخواست کرد تا آنان را در حمله‌ای دیگر برای تسخیر شمال افغانستان یاری رسانند. شاهزاده ترکی‌الفیصل، رئیس سازمان اطلاعات عربستان، در اواسط ژوئن از قندهار دیدار کرد. پس از این دیدار سعودی‌ها چهارصد عراده تویوتای دو کابین و نیز کمک‌های نقدی در اختیار طالبان قرار دادند. آی. اس. آی پاکستان یک بودجه دو میلیارد روپیه‌ای (پنج میلیون دلاری) برای تأمین نیازهای لجستیکی طالبان اختصاص داد. مقامات آی.اس. آی مرتب به قندهار سفر می‌کردند تا طالبان را در تدارک حمله‌اش یاری رسانند.[۱] حمله طالبان در ژوئن ۱۹۸۸، شروع شد و ابتدا میمنه تصرف شد و مقدار زیادی خودرو و تجهیزات نظامی به دست طالبان افتاد و عده زیادی از مردم کشته و زخمی و اسیر شدند. در اول اوت ۱۹۹۸، پس از اینکه چند تن از فرماندهان دوستم با اخذ رشوه خود را کنار کشیدند، طالبان مقر فرماندهی ازبک‌ها را در شیبرغان اشغال کردند.[۱] دوستم فرار کرد و به ازبکستان و سپس ترکیه رفت و نیروهایش هم از جنگ با طالبان خودداری کردند. در مزار شریف تنها ۱۵۰۰ نفر از نیروهای هزاره‌ها باقی مانده بود. این نیروها هدف حمله طالبان قرار گرفتند و پس از مقاومت زیاد همگی به‌جز ۱۰۰ نفر کشته شدند و طالبان وارد مزار شریف شد. طالبان به تلافی شکست قبلی، نسل‌کشی را آغاز کردند و دست به کشتار مردم زدند، نیروهای طالبان هرکس را در خیابان می‌دیدند هدف گلوله قرار می‌دادند؛ سپس به خانه‌های مردم هجوم برده هرکس را احتمال می‌دادند در جنگ شرکت داشته است در دم می‌کشتند. بیشترین کشتار از شیعیان و هزاره‌ها صورت گرفت.
حمله طالبان به سرکنسولگری جمهوری اسلامی ایران در مزار شریف. پس از ورود طالبان به مزار شریف، یک دسته از نیروهای تندرو آن در ماه اوت ۱۹۹۸/ مرداد ۱۳۷۷ ، به سرکنسولگری جمهوری اسلامی ایران در مزار شریف وارد شدند و ۹ دیپلمات نماینده و یک خبرنگار ایرانی را به شهادت رساندند. برخی افغان‌ها نقش عوامل خارجی را در تحریک طالبان برای حمله به سرکنسولگری جمهوری اسلامی ایران در مزار شریف و شهادت دیپلمات‌های آن را مؤثر می‌دانند و آن نوعی انتقام‌گیری تلقی کرده‌اند.
همه مقامات و مسئولان ایران اقدام طالبان را محکوم کردند و اعلام کردند این عمل بی‌پاسخ نخواهد ماند. ایران از طالبان خواهان دستگیری و مجازات عاملان حمله به نمایندگی خود در مزار شریف و شهادت دیپلمات‌های آن شد؛ ولی طالبان حاضر به انجام هیچ اقدامی، حتی به‌صورت نمایشی هم نشد. طالبان سپس در ۳۱ شهریور ۱۳۷۷، به خانه فرهنگ ایران در مزار شریف حمله کرد و با به شهادت رساندن یکی از کارمندان محلی آن، ده هزار جلد کتاب ارزشمند آن را آتش زد و متعاقب عملکرد طالبان، ایران نیز مرز تجارتی دوغارون با افغانستان را مسدود کرد.
حمله طالبان به بامیان. طالبان پس از پیروزی در حمله به مزار شریف در مرداد ۱۳۷۷، در مهر ۱۳۷۷ به بامیان و هزاره‌جات حمله کرد. حزب وحدت اسلامی به رهبری عبدالکریم خلیلی از هزاره‌جات دفاع می‌کرد. حزب وحدت از آغاز حملات و پیشروی‌های طالبان تا این تاریخ در برابر طالبان ایستادگی کرده بود. با سقوط مزار شریف، راه‌های تدارکاتی حزب وحدت و هزاره‌جات به‌کلی مسدود شد و حزب وحدت اسلامی و هزاره‌جات در محاصره کامل قرار گرفتند. طالبان به‌منظور شکست قدرت مقاومت حزب وحدت اسلامی و هزاره‌ها، از اوت ۱۹۹۷ کلیه راه‌های جنوب، غرب و شرق منتهی به هزاره‌جات را مسدود ساخته بود تنها راه تدارکاتی باقی‌مانده، راه شمال بودکه با سقوط مزار شریف آن‌هم بسته شد. بامیان، مرکز فرماندهی حزب وحدت اسلامی، در مهر ۱۳۷۷ به دست طالبان افتاد؛ ولی بامیان، یکاولنگ و دیگر شهرهای هزاره‌جات چند بار میان طالبان و نیروهای حزب وحدت اسلامی دست‌به‌دست شد. طی این حملات و جابه‌جایی‌ها، عده کثیری از مردم کشته شدند؛ از جمله نیروهای حزب وحدت اسلامی در آوریل ۱۹۹۹ وارد بامیان شدند؛ ولی طی درگیری‌های زیاد، طالبان دوباره در می ۱۹۹۹ بامیان را پس گرفت و تعداد زیادی از مردم را قتل‌عام کرد.
گروه طالبان پس از کسب پیروزی در مزار شریف و شمال افغانستان و نیز مناطق مرکزی، به سازمان ملل فشار آورد تاکرسی افغانستان در سازمان ملل به این گروه واگذار شود. طالبان با اعمال فشار بر مؤسسات وابسته با سازمان ملل، مانند حمله به مؤسسه شلتر، می‌کوشید سازمان ملل را برای واگذاری کرسی افغانستان به طالبان تحت‌فشار قرار دهد؛ ولی سازمان ملل دولت ربانی را که هنوز از بین نرفته بود به رسمیت می‌شناخت و این موضوع باعث درگیری طالبان و سازمان ملل بود.گروه طالبان در سال ۱۹۹۹ از سازمان کنفرانس اسلامی نیز تقاضا کرد تاکرسی افغانستان در این سازمان به طالبان واگذار شود؛ ولی به نتیجه‌ای نرسید.[۲]